Archive for the 'logiciels' Category

Jan 03 2012

Announcement: Les animations d’@t Home

Il y a de nombreuses années, le web pédagogique francophone, et spécialement en chimie, était encore balbutiant. A cette époque, j’avais réalisé un petit site @t Home pour partager mes trouvailles, mes expériences, et quelques petites réalisations (animations) artisanales.

Tenir un tel site, l’alimenter, le mettre à jour demandant beaucoup de temps et désirant tenter une autre approche j’avais réalisé ce blog (un CMS comme WordPress permet de limiter le temps de maintenance).

Et puis … la lassitude. Un travail important et pas/peu de retour, un partage assez univoque. D’autres centres d’intérêt, une fin de carrière professionnelle imminente …

Et toujours des demandes de téléchargement pour mes animations Flash. J’ai donc rassemblé ces animations sur cette page. Téléchargez-les … et laissez-moi un petit commentaire. Merci.

Et n’oubliez pas le petit commentaire 😉

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Mar 20 2009

[chemsketch] Etude des propriétés physiques des composés organiques

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L’étude des propriétés physiques des composés organiques ne peut se faire sans passer par la détermination de quelques propriétés aisément accessibles au labo telle que la température de fusion (température de fusion du cyclohexane, détermination d’une température de fusion) ou d’ébullition.

Evidemment une mesure reste une mesure et ce genre de mesure ne permet pas vraiment de développement enrichissant. Pour cette raison je double cette approche expérimentale d’une recherche : Rechercher sur le net les températures d’ébullition des 10 premiers alcanes, alcènes, alcynes, alcools, aldéhydes, cétones et acides linéaires, Présenter les résultats obtenus dans un graphique et en tirer des conclusions pertinentes.

Dans ce travail apparaîtront clairement le rôle des la masse molaire, des liaisons intermoléculaires …

On pourrait donner les valeurs aux élèves et leur demander d’utiliser un tableur pour obtenir le graphique. Personnellement je leur fais faire la recherche et, une fois de plus, ChemSketch se révèle un outil précieux. Il suffit de dessiner la molécule, la sélectionner et d’aller dans le menu Add-Ons>Search Chemspider … Une page web s’ouvre avec les caractéristisques essentielles du composé … dont la température d’ébullition.

Pour voir une petite animation de la marche à suivre, cliquez ici.

prop-phys-orga.gif

ChemSketch en est à la version 12

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Nov 29 2008

[logiciel] SchemSciences … complément pour MS-Word

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schemsciences1.jpgDessiner un dispositif expérimental avec ChemSketch est aisé. Cette solution n’est pas la seule et il y a par exemple un complément pour MS-Word appelé SchemSciences. Ce complément est gratuit et disponible ici (choisir « logiciels et modèles » dans la barre latérale gauche et téléchargez le fichier Schemsciences1_XP.dot). Pour l’installer voici comment procéder

  • Etape 1 : La sauvegarde sur votre PC dans le bon répertoire. Ce complément consiste en fichier dot (Schemsciences1_XP.dot) que vous devrez sauvegarder dans le répertoire adéquat (logiquement sur Vista, dans le répertoire de l’utilisateur, il faut chercher AppData>Roaming>Microsoft>Templates )
  • Etape 2 : Ajouter ce complément à MS-Word
    comment installer le complément (animation) ▼
  • Etape 3 : Utiliser ce complément. Cliquer sur Compléments dans la barre de menu de MS-Word et « picorer » dans les divers schémas pour élaborer votre dispositif expérimental
    voir le screenshot ▼

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Sep 28 2008

[maj-chemsketch] erratum … templates

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chemsk-template-06-08.jpgDans un billet datant de juin, je vous présentais un template « maison » pour ChemSketch. Il s’agissait d’un certain nombre d’instruments et d’appareils de labo pour illustrer vos dispositifs créés avec ce logiciel incontournable.

Mais, insidieusement, une erreur s’était glissée dans ce billet et le fichier proposé était incomplet. Je viens ( 😕 ) de m’en rendre compte et je corrige le billet.

Voici les deux fichiers : #1 et #2

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Juin 24 2008

[chemsketch] template additionnel : Matériel de labo

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maj 28/09/2008 : Les fichiers templates ont été réactualisés (une erreur s’était glissée dans la version précédente)


chemsk-template-06-08.jpgChemSketch ne sert pas qu’à modéliser, visionner des molécules. Il permet aussi de créer des schémas de labo aisément insérables dans un traitement texte (dans MS-Word>insertion>objet). Si vous avez testé cette fonctionnalité vous avez, comme moi, délicatement pesté contre l’absence d’une balance, d’une électrode pH, etc … . Il y a toujours moyen de bidouiller mais le défaut est que ChemSketch est un logiciel vectoriel et que les images disponibles sur le net sont du type bitmap comprimé (jpg, gif, png) ou non (bmp).

J’ai découvert au cours de mes recherches quelques images vectorielles (wmf) apparemment libres de droits (disponibles gratuitement en téléchargement) et je les ai insérées dans deux fichiers template (#1 et #2) que je vous propose en téléchargement (ayant récupéré ici et là ces images je n’ai pas conservé l’adresse des sites qui les proposaient. Je serais heureux de joindre un lien vers ces sites si ils se font connaître).

Comment procéder pour intégrer ce template dans ChemSketch ? C’est extrêmement simple.

  • Recherchez sur votre disque dur l’emplacement de ChemSketch (c’est un répertoire ou dossier appelé ACDFREE10 pour la version 10) . Cela peut-être dans le répertoire des programmes (program files ou programmes) situé à la racine de votre disque dur ou ailleurs (chez moi c’était directemnt à la racine … pourquoi ? :roll: )
  • Vous téléchargez les fichiers (#1 et #2) et les sauvez dans le sous-répertoire templates de ChemSketch ;
  • Lancez ChemSketch et sélectionnez dans le menu Templates>Template Window>Organizer. Choisissez l’option new et indiquez au programme l’emplacement de ce template ;
  • Validez et c’est bon :smile: ;

Cette démarche vous pose problème … essayez ce petit tutoriel et cela devrait aller mieux !



PS : (25/06/08) Je viens de constater que ChemSketch en est déjà à la version 11 … Pas de gros bouleversement 😉

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Mar 12 2008

Chime … pour visualiser les structures moléculaires (2).

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 CHIME est un plug-in ou add-on, c’est à dire un petit module qui se greffe sur le navigateur et permet d’ouvrir les fichiers au format pdb (protein data bank), mol et quelques autres pour visualiser les structures moléculaires en 2D ou 3D et d’interagir (rotation, zoom, …) avec celles-ci.

Ce plugin est gratuit et son installation sur Windows ou Mac est aisée à partir du site de MDL (une procédure d’enregistrement sur le site est demandée avant d’accéder à l’aire de téléchargement).

Dans le cas de Windows (Xp ou Vista), l’installation est automatique et ne pose aucun problème. Pour les versions plus anciennes du système d’exploitation (avec les versions de MSIE antérieures à la 5.0) ça se gâte et il est alors préférable de penser à utiliser Firefox (ou l’ancien et valeureux Netscape) comme navigateur moyennant une petite manipulation décrite ci-dessous.

Pour Firefox, le plugin fonctionne parfaitement à condition de déplacer manuellement (copier/coller) le fichier npchime.dll (installé par défaut dans le répertoire Program Files>Internet Explorer>plugins   dans le répertoire Program Files>Mozilla Firefox>plugins/ .

Pour tester votre installation, voyez cette page ou cliquez sur ce lien (molécule d’eugénol).

Actuellement il semblerait que l’évolution de ce plugin soit partiellement abandonnée. Il me semble cependant que sa facilité d’installation et d’utilisation soient cependant deux bonnes raisons pour continuer à l’utiliser.

L’évolution réside certainement dans le projet Open Source, JMol, basé sur sur une applet Java dont l’avantage principal  est d’être compatible avec toutes les plateformes (Windows/Mac/Linux).

carbone1.jpg

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Nov 26 2007

Jmol … modèles moléculaires dans WordPress et ailleurs

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L’atome, la molécule, nous ne cessons de le répéter à nos élèves, font partie d’un monde nanoscopique presque inaccessible à l’observation directe et pourtant c’est sur ces briques minuscules que se fonde la chimie. Cette impossibilité à voir, à toucher peut (très partiellement) être compensée par la visualisation de représentation 3D. Sachant qu’il s’agit d’une modélisation et non d’une représentation de la réalité on peut ainsi rendre (un peu) plus concrètes ces notions.

On peut à l’aide de boules et de batonnets assemblés montrer quelle pourrait être la structure de telle ou telle molécule. Evidemment, lorsque la complexité croît (les protéines, l’ADN,…) de telles modèles deviennent difficiles à mettre en oeuvre. C’est ici que l’informatique, l’ordinateur peuvent nous apporter une aide appréciable. L’internet regorge de fichiers décrivant la structure d’une molécule (fichiers mol, pdb, …) … reste à les visualiser sur son PC. Les possibilités de modélisation sont assez nombreuses quoique pas toujours aisées à mettre en oeuvre.

L’exemple ci-dessous compare les structures du graphite et du diamant (cliquez – bouton droit maintenu appuyé – sur les molécules … déplacez le pointeur ….)

Mon but étant d’insérer dans une page web un module de visualisation, j’ai découvert JMol.

Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source pour les étudiants, les éducateurs et les chercheurs en chimie et en biochimie. Il est multi-plateformes, fonctionnant sous Windows, Mac OS X et les systèmes Linux/Unix.

Il s’agit donc d’une applet Java qui s’intègre dans la page Web sans (beaucoup de) problèmes (juste quelques heures passées à s’arracher les cheveux pour un petit détail de syntaxe 😈 ). Quelques lignes de code suffisent. L’intérêt de la solution Jmol est multiple

  1. open source,
  2. gratuit,
  3. compatible windows/mac/linux,
  4. ne demande aucune installation particulière (si ce n’est java … ce qui ne plaît pas nécessairement aux amateurs d’un web « léger ») sur l’ordinateur.

Cette page étant réalisée à partir du CMS (logiciel de blog) WordPress,  j’ai cherché s’il était possible d’intégrer ces applets dans un article. Dans cet article on y trouve le code à insérer. Personnellement je n’utilise pas la même structure de répertoire et cela marche (à la racine du blog j’ai créé un dossier /jmol dans lequel sont stockés le javascript et les fichiers .jar de l’applet. Dans ce même dossier sont stockés les fichiers .mol ou .pdb dans un sous dossier que j’ai nommé /molecules). Quelques conseils également sur ce blog.

Exemple de code

<script type= »text/javascript » src= »jmol/Jmol.js » mce_src= »jmol/Jmol.js »></script>
<script type= »text/javascript »> jmolInitialize(« jmol/ »);jmolApplet(220, « load  jmol/molecules/graphite4x12.pdb »);</script>

Il faut cependant veiller 

  • à la syntaxe rigoureuse des chemins menant au différents fichiers,
  • à introduire le code adéquat non pas dans l’onglet visuel de l’éditeur de WordPress mais dans l’onglet code,
  • à ne pas laisser d’espaces vides entre les différentes instructions du code sinon l’éditeur y apporte automatiquement des modifications,
  • à la casse des noms de fichiers, dossiers, …

N’hésitez pas à me contacter si vous avez des difficultés à insérer jmol dans votre blog WordPress

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Oct 10 2007

Simulation de courbes pH-métrique … CurTiPot

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Il y a peu je vous parlais de DosA, un logiciel simple pour tracer des courbes pH-métriques pour des réactions acide-base. Un des défauts de ce logiciel est qu’il se limite à quelques (trop peu) acides et bases dont les caractéristiques sont reprises dans sa base de données. 

Voulant m’attaquer aux polyacides tels que l’acide citrique ou l’acide phosphorique , j’ai dû chercher un logiciel de simulation plus puissant et, si possible, gratuit. C’est ainsi que j’ai découvert CurTiPot, un fichier MS-Excel. CurTiPot est l’oeuvre d’un professeur de chimie brésilien, Ivano Gebhardt Rolf Gutz. Et comme il le dit avec humour CurTiPot a été écrit durant les week-ends et les vacances et, parfois, à la plage.

A l’ouverture du fichier, on ne peut s’empêcher de cligner des yeux ou d’envisager une retraite stratégique. Mais avec un peu de volonté on constate que cette apparente « machine à gaz » répond réellement à nos besoins. Tout y est … mono et poly acides/bases (plus de 250 …), pH de mélanges, etc … A découvrir sans tarder.

curtipot.jpg

téléchargement de CurTiPod ici

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Oct 05 2007

[chemsketch] Word, un dispositif de titrage et ChemSketch …

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S’il est un logiciel incontournable, c’est bien ChemSketch de ACDLabs, logiciel gratuit pour le monde de l’enseignement (merci !).

Dessiner, tracer, visualiser en 3D, nommer et même beaucoup plus … les molécules organiques n’ont plus de secret.

Et puis, un petit plus, c’est la possibilité de dessiner un montage de labo en assemblant à partir d’une série de templates les différents « ustensiles ».

Je vous propose un petit (3Mo quand même) tutoriel répondant à la question « Comment dans MS-Word intégrer le schéma d’un dispositif de titrage ? » (un conseil … passez en mode plein écran : Touche F11 ).

chemsketch-titrage.jpg

 

Vous désirez d’autres tutos … sur ChemSketch, DoA, … faites-le savoir en postant un commentaire.

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Sep 19 2007

Logiciel de simulation de dosage acide-base …

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L’étude de la réaction acide-base passe par l’étude des courbes pH-métriques.

L’occasion de passer au laboratoire et de réaliser expérimentalement une courbe  de neutralisation.

Oui, mais on aimerait faire varier les conditions, modifier un paramètre (acide/base fort ou faible, volume de titré, concentration, …) et le temps n’étant pas extensible il faut trouver une solution rapide … la simulation.

J’utilise un petit logiciel très léger (450 Ko en téléchargement zip), peu exigeant pour l’ordinateur (les vieux PC l’acceptent sans broncher du moment que l’OS soit Windows), gratuit. Il s’agit de DosA.

Il permet

  • de choisir la nature du titrant/titré dans une liste prédéfinie assez réduite (c’est un petit défaut …) ;
  • de définir volume et concentrations ;
  • de tracer la courbe de neutralisation, de calculer la fonction dérivée, de déterminer (ou non) le point équivalent par la méthode des tangentes ;
  • de paramètrer l’affichage (quadrillage, couleurs, affichage ou non des conditions) ;
  • de sauver la courbe au format bmp ou dans le presse-papier pour une insertion aisée dans un traitement de texte …

dosa.gif

Téléchargement de DosA ici

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