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Nov 26 2007

Jmol … modèles moléculaires dans WordPress et ailleurs

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L’atome, la molécule, nous ne cessons de le répéter à nos élèves, font partie d’un monde nanoscopique presque inaccessible à l’observation directe et pourtant c’est sur ces briques minuscules que se fonde la chimie. Cette impossibilité à voir, à toucher peut (très partiellement) être compensée par la visualisation de représentation 3D. Sachant qu’il s’agit d’une modélisation et non d’une représentation de la réalité on peut ainsi rendre (un peu) plus concrètes ces notions.

On peut à l’aide de boules et de batonnets assemblés montrer quelle pourrait être la structure de telle ou telle molécule. Evidemment, lorsque la complexité croît (les protéines, l’ADN,…) de telles modèles deviennent difficiles à mettre en oeuvre. C’est ici que l’informatique, l’ordinateur peuvent nous apporter une aide appréciable. L’internet regorge de fichiers décrivant la structure d’une molécule (fichiers mol, pdb, …) … reste à les visualiser sur son PC. Les possibilités de modélisation sont assez nombreuses quoique pas toujours aisées à mettre en oeuvre.

L’exemple ci-dessous compare les structures du graphite et du diamant (cliquez – bouton droit maintenu appuyé – sur les molécules … déplacez le pointeur ….)

Mon but étant d’insérer dans une page web un module de visualisation, j’ai découvert JMol.

Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source pour les étudiants, les éducateurs et les chercheurs en chimie et en biochimie. Il est multi-plateformes, fonctionnant sous Windows, Mac OS X et les systèmes Linux/Unix.

Il s’agit donc d’une applet Java qui s’intègre dans la page Web sans (beaucoup de) problèmes (juste quelques heures passées à s’arracher les cheveux pour un petit détail de syntaxe 😈 ). Quelques lignes de code suffisent. L’intérêt de la solution Jmol est multiple

  1. open source,
  2. gratuit,
  3. compatible windows/mac/linux,
  4. ne demande aucune installation particulière (si ce n’est java … ce qui ne plaît pas nécessairement aux amateurs d’un web « léger ») sur l’ordinateur.

Cette page étant réalisée à partir du CMS (logiciel de blog) WordPress,  j’ai cherché s’il était possible d’intégrer ces applets dans un article. Dans cet article on y trouve le code à insérer. Personnellement je n’utilise pas la même structure de répertoire et cela marche (à la racine du blog j’ai créé un dossier /jmol dans lequel sont stockés le javascript et les fichiers .jar de l’applet. Dans ce même dossier sont stockés les fichiers .mol ou .pdb dans un sous dossier que j’ai nommé /molecules). Quelques conseils également sur ce blog.

Exemple de code

<script type= »text/javascript » src= »jmol/Jmol.js » mce_src= »jmol/Jmol.js »></script>
<script type= »text/javascript »> jmolInitialize(« jmol/ »);jmolApplet(220, « load  jmol/molecules/graphite4x12.pdb »);</script>

Il faut cependant veiller 

  • à la syntaxe rigoureuse des chemins menant au différents fichiers,
  • à introduire le code adéquat non pas dans l’onglet visuel de l’éditeur de WordPress mais dans l’onglet code,
  • à ne pas laisser d’espaces vides entre les différentes instructions du code sinon l’éditeur y apporte automatiquement des modifications,
  • à la casse des noms de fichiers, dossiers, …

N’hésitez pas à me contacter si vous avez des difficultés à insérer jmol dans votre blog WordPress

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