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Mar 12 2008

Chime … pour visualiser les structures moléculaires (2).

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 CHIME est un plug-in ou add-on, c’est à dire un petit module qui se greffe sur le navigateur et permet d’ouvrir les fichiers au format pdb (protein data bank), mol et quelques autres pour visualiser les structures moléculaires en 2D ou 3D et d’interagir (rotation, zoom, …) avec celles-ci.

Ce plugin est gratuit et son installation sur Windows ou Mac est aisée à partir du site de MDL (une procédure d’enregistrement sur le site est demandée avant d’accéder à l’aire de téléchargement).

Dans le cas de Windows (Xp ou Vista), l’installation est automatique et ne pose aucun problème. Pour les versions plus anciennes du système d’exploitation (avec les versions de MSIE antérieures à la 5.0) ça se gâte et il est alors préférable de penser à utiliser Firefox (ou l’ancien et valeureux Netscape) comme navigateur moyennant une petite manipulation décrite ci-dessous.

Pour Firefox, le plugin fonctionne parfaitement à condition de déplacer manuellement (copier/coller) le fichier npchime.dll (installé par défaut dans le répertoire Program Files>Internet Explorer>plugins   dans le répertoire Program Files>Mozilla Firefox>plugins/ .

Pour tester votre installation, voyez cette page ou cliquez sur ce lien (molécule d’eugénol).

Actuellement il semblerait que l’évolution de ce plugin soit partiellement abandonnée. Il me semble cependant que sa facilité d’installation et d’utilisation soient cependant deux bonnes raisons pour continuer à l’utiliser.

L’évolution réside certainement dans le projet Open Source, JMol, basé sur sur une applet Java dont l’avantage principal  est d’être compatible avec toutes les plateformes (Windows/Mac/Linux).

carbone1.jpg

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